柱前衍生是在經過分析柱前使分析物與衍生劑反應，反應產物在分析柱上實現分離，實際分離的是衍生產物，檢測的也是衍生產物；柱后衍生是分離物在分析柱中實現分離后，在衍生池內與衍生劑反應，在柱子中分離的是目的物，在檢測器處檢測的衍生產物。
柱前衍生優點是，對設備要求不高，可以手工衍生，而且對衍生時間要求相對寬泛。缺點是，引入了過多的物質，如：衍生劑、衍生產物(當然這個是檢測需要的)和衍生副產物，對柱子有潛在的負面影響，另如采用手工衍生也會引入過多的認為因素。
柱后衍生優點是，重現性好，認為因素少，引入物質比較少。缺點是，可能有擴散問題，在柱子中分離結束后，就存在擴散，如果衍生慢(必然流速低)、管路長擴散問題就會比較嚴重，再有就是要求有一套外源的泵系統和一個檢測池，對于設備要求較高。
柱后衍生又稱柱后反應，利用衍生反應使被測物與相應的試劑分析反應，以改變其物理或化學性質，使其被檢測到。
柱后衍生系統的注意事項：
1、保持流動相和貯液器的清潔，并定期清洗；
2、流動相（水應為純水和色譜純試劑）并經過濾脫氣；
3、啟動時流量要由小漸大，避免壓力的驟然升；
4、應使用液相進樣針，并經常沖洗進樣閥；
5、保持檢測器的清潔，每次分析完后連同柱子一道沖洗，用緩沖鹽作流動相時，必須用水沖洗干凈，再逐步過渡到有機溶劑；
6、色譜柱必須保存在有機溶劑中；
7、上機樣品必須經過濾處理；
8、系統長期關閉情況下HPLC泵和柱后衍生系統泵均需用水/甲醇混合液至少沖洗系統30min，再保存到純甲醇里。
